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发布日期：2024-12-26 01:37 点击次数：114
新晋诺奖得主John Jumper，领有深厚专科学问和责任教学，善于教学，谈吐幽默，责任高效，珍贵实质效果，这样的东谈主很当然地能在一个团队中成为中枢和指导。高才略、高情商的正常的不乖癖不时弊的东谈主等于咱们需要的复合型东谈主才。
撰文 | 小王短文
激烈道喜 John Jumper 取得2024年诺贝尔化学奖！
太赞了！太赞了！！太赞了！！！
John 是我的师兄，早我一年入校，早我两年入课题组。咱们有两位共同的博士导师：Karl Friedric Freed(1942-)和 Tobin Roy Sosnick(1961-)。
Karl 出身于1942年的纽约市布鲁克林，有一个年长4岁半的哥哥 Jack。哥哥怜爱化学，中学就在我方家的地下室搭建了一个功能皆备的化学实践室，上小学的弟弟也能参与进来。Jack 在1962年因酌量电子自旋共振从哥大取得了化学博士学位；翌年，Jack 拿到康奈尔大学化学系的教职，而 Karl 刚刚从哥大化学系本科毕业。
仿佛在追逐哥哥的脚步，在1967年，Karl 取得了哈佛的化学物理学博士学位，师从 William Klemperer（1927-2017），酌量电子共振光谱，博士论文标题是：Theoretical studies in molecular spectroscopy（分子光谱学的表面酌量）。同庚，哥哥Jack成为康奈尔大学副教授，取得毕生教职。很快，在1968年，Karl 招揽了 Stuart Alan Rice(1932-)的邀请，来芝大化学系任教，于今。26岁就成为芝大化学系正教授的 Rice 是目前芝加哥大学化学系最资深的教授，可能亦然芝加哥大学化学系目前最接近诺贝尔奖的东谈主。
可能终究如故兄长稍胜一筹，Jack 在1976年景为好意思国物理学会会士，1994年被评为好意思国艺术与科学院院士；Karl 则分手在1983年和2007年景为好意思国物理学会会士、好意思国艺术与科学院院士。
我曾向 Karl 问起 Jack，二东谈主实在长得太像了。Karl 平和地说 Jack is a much better chemist than me（哥哥是远比我好的化学家）。
图：卡尔（左，芝大化学系官网），杰克（右，康奈尔化学系官网）。
Karl 是一位极度老派的、数学物理功底极塌实的表面化学家，属于在黑板上裸推公式讲课的那一种，曾在1970、80年代担任过芝加哥大学化学系的系主任以及 James Frank 酌量所长处，持久在系里教授量子化学等表面和诡计类课程。讲课时，Karl 简直是 GPA 杀手，终年使得课程平平分保持在30几（满分100）。咱们酷好，难谈 Karl 像《灌篮妙手》中的安西教授，年青白首魔，衰老白首佛？咱们这帮小屁孩的确太红运了。
其实并莫得。Karl 解释说，你们望望那些大定约打棒球的，击球得手率只消30%，也配拿百万好意思刀的薪水。上我的课，能拿个30分，相当不错啦~
这个见笑太冷了……
Karl 等于这样，像是一个孩子，总爱说冷见笑，每三句就有一句见笑，同样是他我方先笑起来；然而，一朝谈到学术，他双眼则直直地看着你，炯炯有神，仿佛此刻对他而言周围都不存在了。时于本日，我犹然谨记，第一次与 Karl 同桌吃饭，他问咱们：What is the difference between molecular modelling and simulation？分子模拟与分子模拟的区别是什么？都是模拟，区别是什么？
Karl 身体不好，罹患帕金森症几十年，看上去比同龄东谈主更老一些。2016年的一天凌晨，Karl 须臾中风，所幸 John 就住在左近，实时将之送到校病院，才并无大碍 —— 这件事却实实在在吓坏了组内系数东谈主。这之后，Karl 只可在晴好的天气里请他自90年代起便资助的波兰裔的博后酌量员 Jack Douglas 接送来学校责任，雨雪天则再也来不明晰。
中风收复后，Karl 也莫得任何要离开酌量一线的风趣，依然每年到了点就去请求经费，时常溃逃，偶尔得手，依然每年还要发只消一个作者的酌量性论文—— 我方编程、诡计、绘画、写作，依然还过问系里的论说会和学生的组会，依然还把我叫到他家里去给他讲数据。直到新冠来袭。
John 和我分手是 Karl 自1968年至2019年这长达半个世纪的学术糊口中所培养的临了两位博士。
Tobin 是芝加哥大学生物物理博士格式的主任（Director)、死活一火学和分子生物学系的主席（Chair）。
Tobin 于1989年从哈佛大学取得应用物理学的博士学位，师从 Paul E. Sokol，酌量标的是冷原子实践物理，是Sokol 最早的学生之一；Tobin 在博后阶段转向生物物理实践，在宾夕法尼亚大学扈从氢交换质谱（hydrogen exchange mass spectroscopy）的时尚 S. Walter Englander（1930-），酌量标的大幅转向到了卵白质的折叠和动态。
Tobin 出身于1961年的加州圣迭戈，犹太东谈主，戏称我方是 California Jew，意为超普通化的无神论加州犹太东谈主；鹰钩鼻，浅棕头发，中等身体，胸围极阔，胳背孔武有劲；怜爱怒放，读博时卧推120公斤，同期全马跑进3小时30分，近60岁了还每周踢足球，曾一度让楼里与他不熟的中国粹生以为他是40岁的老博后。他念念维突出，对数据和图标物理直观极好，对学术问题一点不苟，穷根问底，对发表的数据一定要搜检再三，论断一定条款缔造在坚实的数据和严实的逻辑上 —— 这也让课题组里的著作发得极慢。
图：本东谈主摄于2015.4，托宾持球。
因为学术意思的趋同，酌量表面高分子物理和化学的 Karl，与酌量卵白质和 RNA —— 两种特殊的生物高分子的生物物感性质的 Tobin，在2000年代初开动了长达20年的学术互助，共同培养了十数位卵白质折叠和动态标的的博士和博后。
Karl 和 Tobin 对学生都极好，险些在咱们需要问问题时无时不在，也险些在学术上齐全放羊，给以学生在选题和酌量方面极大的解放。
师昆仲姐妹们都受益于两位导师的教学法，包括John。
我和师兄 John 同事四年（2014 - 2017）。我的博士论文的前半部分是 John 切身指导的，此后半部分则是对 John 的博士责任作念一些延长 —— 莫得 John，我不可能博士毕业。
以我对 John 的了解，我以为，John 辅导 AlphaFold 团队的得手收货于他在以下四个方面的学问和才略。
1、深厚的数学、物理学功底
John 出身于阿肯色州的一个小农场主家庭，后生时帮家里养马，作念农务；本科就读于离家不远的私扬名校，范德比尔特大学（Vanderbilt University），学习表面物理。学士毕业后，他即前去英国剑桥大学读表面凝华态，然而在剑桥只待了一年便复返了好意思国。—— “Don’t like the weather there.” 他不心爱那的天气。
严格的数学与物理学的科班检会，使得 John 在日后酌量卵白质折叠的分子能源学问题时，大概长期关爱到模子背后的物理含义，额外是从统计力学方面的角度；而塌实的数学物理基础又使得他能准确、飞快地走漏并掌持深度学习模子。
2、豪阔的卵白质鸿沟学问
从酌量标的而言，卵白质诡计是咱们的专科学问（domain knowledge），John 本东谈主对此的积蓄肇端于他回到好意思国后。返好意思后，他去了位于纽约的“D. E. Shaw 酌量所”（D. E. Shaw Research），酌量卵白质折叠和伊辛模子(Ising model)。
D. E. Shaw 很外传。他从斯坦福大学诡计机系博士毕业后蛮横地用优化的代码，在彼时还使用着低效代码的股票市集，以高频往复赚取了宽敞利润，身家钜万。此后，他出于酌量科学问题的联想，创立了 Shaw 酌量所，延揽软硬件方面的东谈主才，从最基础的硬件架构开动瞎想有利用于模拟卵白质的超等诡计机以及法子。Shaw 得手了。他的酌量所一度模拟出寰宇上最接近确实时刻轨范的卵白质怒放轨迹。
John 是 Shaw 酌量所的早期职工，参与了 2010 年其发表的有名《科学》论文 —— 《卵白质结构能源学的原子级别描述》。这篇论文 Shaw 本东谈主是单独的第一作者，而其他系数东谈主则是“共同第二作者” —— 高水平论文的签字是不拘一格的，不可依照某些东谈主的不雅点，突出了几位共一就不行。再举一例，AlphaFold2 的Nature论文有19位共同第一作者，其中John排在第一位，而位列第19共一的 Hassabis 事实上是论文的临了一位（通信）作者，与第18位共一作者的中间还夹着十几位作者。
图：Shaw et al., Science 2010.
John 在 Shaw 酌量所不仅积蓄了丰富的卵白质折叠关联学问，况且扩充了多样诡计化学用具。举例，他我方为 Shaw 酌量所开导了便捷的轨迹可视化用具 —— 可同期稽察轨迹内分子结构、体系能量、结构偏差值（RMSD）等多种分析函数弧线。
另一方面，公司内不同于学校的的责任酌量环境令 John 的责任作风极度做事化（professional）。对于这点，咱们背面伸开说。
值得一提地，2010年前后，Shaw 给 John 的年薪突出20万好意思元。2011年，因为 John 的爱东谈主来芝大读博，他也辞去责任同来芝加哥念书。入校后，AG百家乐怎么稳赢学校提供的助教、助研工资在税后不及3万。
3、时髦的编程妙技
John 的编程才略可能是我见解过的同学、同事里最高的；诚然，我不了解 CS 专科，比拟的对象都是身边化学、物理等标的的师友。
John 很自夸 —— 他不称我方是化学家，尽管咱们都在化学系中，而称我方是物理学家；与此同期，他自称，“I’m a self-taught computer scientist.”（我是一个自学成才的诡计机学家）。
熟识并熟练地哄骗多种编程语言，如 python, C++, R, bash 等，当今还是被视为诡计化学家的基本教悔之一。我仍然想强调，会写和写得好，二者区别极大。
John 的博士责任，齐全由他我方一东谈主写了一套无缺的原子精度的粗粒化的卵白质分子能源学软件，名为 Upside，在GitHub上齐全开源。—— 齐全开源是咱们组的一贯作风，任何咱们发表的学术效果，都应当大概不仅能被咱们我方齐全重叠，也必须能被他东谈主重叠。
极强的编程才略使得 John 一方面能快速已毕我方的想法（idea）并测试，另一方面在得到测试反应后能飞快进行新一轮的实践。
一件逸闻：John 出于我方的性情原因，不心爱远行开会。举例他从来不去鸿沟内的生物物理年会，就连“近在刻下”的圣母大学举行的一年一度的卵白质折叠会议他也不去。雇主 Tobin 频频代他讲解、展示、宣传实践方法和划定。我第一次看到 Tobin 帮 John 作念展示 PPT 和海报时依然恐惧地问，你是教授，果然代学生作念PPT海报，言下之意是你咋不帮咱们其他东谈主作念？Tobin 的回答很径直，“我想让 John 有更多时刻写法子，他走了，我招不到代码写得这样好的东谈主了。至于你们，诚然得我方作念。”
John 对电脑硬件也很熟。我刚入组时，John 得知芝加哥市政府的全球交通惩处部门要处理一批一百多块旧CPU，他主动沟通了他们，带着我去了他们的机房，一块块地将CPU拆下来，带回学校，再装到了咱们我方的超算上。
图：John 的博士责任简介。
4、深切的深度学习走漏
John 很懂深度学习（deep learning），比课题组内的任何东谈主都懂得多得多得多，包括咱们的两位导师。这也意味着，不管是 Karl 如故 Tobin，都无法在深度学习模子方面给以他指导。实质上，Karl 和 Tobin 都说过，John knows much more than I do.（John 懂得比我多得多。）
酌量上，John 与芝加哥丰田技能中心（TTIC）的王晟博士交流许多。芝加哥丰田技能中心位于芝加哥大学的校园角落，是一个孤苦的酌量机构，专注于将深度学习应用于各个鸿沟；因为其与芝加哥大学存在精细的沟通，是以二者的师生彼此交流频频，芝加哥大学的学生不错去 TTIC 作念博士课题，TTIC 的教授也能在芝掀开讲课程。王晟博士那时是许锦波教授的博士后，酌量卵白质的结构斟酌问题，参与咱们课题组的组会，在大致两年内和咱们的组员无异。
诚然，读博士时间的大部分学问原来等于要我方学，导师能给一个标的性指导还是豪阔。
底下谈谈 John 的责任作风。
1、极度做事化（professional）
即使在学校，John 的责任作风也极度做事化。
具体表现为：对上司（导师）和同事，对于学术问题来者不拒；尽快回话对方的邮件。Tobin 常辱弄，不管何时给 John 发邮件，总能得到他迅捷的回话，而未必候，John 回话邮件的时刻却表现为凌晨4、5点。
John 在入学后第二年就与爱东谈主生了大犬子，由于妻子俩都要读博，那么 John 索性在家责任，由太太去学校实践室作念实践。这样，仅在每周组会时，John 会来学校，未必抱着犬子沿途来开组会。其余时刻，John 会偶尔下昼来学校一小会，和雇主陈诉一下程度，酌量数据。
第四年时，John 的宗子出身令他更忙了，责任都是利用带宝宝的错误作念的。
另一方面，John 对正在进行的格式有明确的阶段性的“测度完成时刻”（ETF, estimated time to finish），会连续和 Tobin 以及 Karl 陈诉更新。也等于说，John 不会埋头一个东谈主作念作念作念，让导师处于盲然情状；相背，他会自发、主动、如期地与上司交流，保持交流，更新测度打算。这是一种极度精熟的做事化责任作风。
2、极度实质（practical）
对待学术问题，缔造模子，处理数据，John 追求数学和物理风趣上的严格（rigor），但不追求数据上的极致拟合。他走漏作念诡计需要在精度和诡计速率等方面作均衡。他时常挂在口边的一句话是：
All models are wrong, but some are useful.(George Box)
系数模子都是错的，仅仅一些有效辛勤。（乔治·鲍克斯）
他的毕业论文扉页上也用了这一句话。
另一方面，他不拘纹饰末节。比如，即使是他我方的博士毕业答辩，他也只用了白板PPT，和莫得对皆的图片，莫得调养的字体。—— 当你的科学内容豪阔垂死，豪阔引东谈主意思时，谁还关爱你用了什么字体，用了什么PPT花边？相背，反反复复纠结于字体的大小、情绪等等轻于鸿毛是蝉翼为重。
在生活方面，不单要一位同事问过他，为安在毕业后不链接学术糊口，以他的才能，作念教职不是难事。他的回答也很径直，我存的钱快花完毕，我还要养孩子啊。—— 不顾家式地追求个东谈主联想毫不是好的选项。好男东谈主必须要顾家。这亦然“实质”的一个方面，学术责任是生活的一部分，且仅仅一部分。
当今，他在 Deepmind，既享受着高薪，也链接我方怜爱的学术课题，两全其好意思！到英国后一年，他的二犬子出身了。家庭奇迹双好意思是因为不将家庭置于奇迹之下。
3、极度善于教学（heuristic）
与 John 不熟识的东谈主，在不雅察他的言行后，很容易得出论断，“John 是个傲慢的东谈主。”
我我方当先就以为 John 的语言格式老是傲睨一世，而与我同届的左近组作念诡计的印度同学拉米特（Ramit）曾经向我沮丧，说 John 讲起话来老是给东谈主以一副屈尊俯就的嗅觉。—— 这并不奇怪，似乎恃才的东谈主总须傲物。
然而，John 其实并不是这样的东谈主。缓缓与John熟识后，我发现，John 十分自得共享他的学问，额外是对自得辞谢求教的东谈主，他平常表现地极度有礼貌。要是向他发问的东谈主自得倾听，他大概恰到公正地、精确地，从发问东谈主水平之下小数点开动讲解，很耐性性，缓缓深入，直至讲到发问东谈主无法短时刻走漏的难度。
说真话，我很少到如斯善于教学的东谈主：因为这体现出 John 不仅极度全面且熟练地掌持那些学问，况且他大概准确测度出对方的水平，并因材施教；在此历程中，John 还极度耐性。
芝大的办校方针之一是成为众师之师。从这个风趣上说，John 是母校培养的及格东谈主才。
4、很幽默（humorous）
爱幽默是性情，置于责任中则是调度责任氛围、增进东谈主际沟通的精熟润滑剂。爱笑的东谈主更显帅气。
我在学习 John 代码时，预防到 Upside 中，他设定的就地数种子（random seed）是 42，闲扯时便对他拿起。
“Of course, IT’s 42.” 诚然是42，他回话我。
懂的都懂吧？
42 是英国科幻作者景格拉斯·亚当斯的被誉为寰宇最幽默科幻演义的《星河系漫游指南》中天地的终极谜底。—— 马斯克曾经在“星舰”的发动机上刻上“42”。
综上，John 在学问储备上具备：
深厚的数学、物理学功底，
豪阔的卵白质鸿沟学问，
时髦的编程妙技，
深切的深度学习走漏。
在责任作风上，他
极度做事化（professional），
实质（practical），
善于教学（heuristic），
很幽默（humorous）。
领有深厚专科学问和责任教学，善于教学，谈吐幽默，责任高效，珍贵实质效果，这样的东谈主很当然地能在一个团队中成为中枢和指导。高才略、高情商的正常的不乖癖不时弊的东谈主等于咱们需要的复合型东谈主才。
临了，John 心爱喝可乐（不要健怡！）。
本文转载自微信公众号“小王短文”@xiaowang_essay，原标题为《AlphaFold首席科学家John Jumper荣获2024年诺贝尔化学奖》。
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